改善腸胃問題，益生菌怎麼吃之外，常見的益生菌問題如下：
「1」如何挑到最適合自己的益生菌產品？
了解自己的身體什麼狀況後，可選擇依據想改善的症狀，找尋能改善症狀的菌種後，可在益生菌產品的選項中細看益生菌產品中標示的多少菌種、菌數，並注意是否添加其他糖分及蛋白質含量(添加太多會造成身體負擔)．
「2」可以自製益生菌嗎？
優酪乳、味噌、泡菜、納豆、起司、臭豆腐…等，都富含益生菌，但因為這些的再製食品有些都有添加鹽糖做發酵，所以若要選擇自製益生菌，除了考慮菌種的適合度，也該考慮是否增添太多的調味品，導致還沒吸收益生菌，反而卻造成身體另外的負擔；另外，自製的益生菌食物要記得挑選新鮮食材、並注意保存期限，但因為通常不添加防腐劑，要小心注意別放太久，而導致發霉或食物腐敗．
「3」吃益生菌期間，要注意什麼？
益生菌的功用可調節人體中的消化道菌，抑制害菌的生長，預防病毒，增強免疫力．
但若食用會降低免疫力的食物（例如：燒烤、油炸等），會使免疫機能混亂，導致過敏反應，若一起食用，恐怕降低益生菌活性．
